Balstogės universiteto filialas Vilniaus Ekonomikos-Informatikos fakultetas įsteigtas remiantis Lenkijos Respublikos Aukštojo mokslo ministerijos (2006 m. balandžio 25 d. Nr. DSW-2-0412/ /JB/05), Lenkijos Respublikos Užsienio reikalų ministerijos (2006 m. kovo 9 d. Nr. BDG-0131-3409-06), Lietuvos Respublikos Vyriausybės (2007 m. birželio 19 d. įstatymas Nr. 633) bei Lietuvos Švietimo ir mokslo ministerijos (2007 m.
Didžiausia filialo problema - nuosavos buveinės neturėjimas, kas neleidžia pradėti vykdyti naujas studijų kryptis. 2008 m. rudenį Viešoji įstaiga Universitas Studiorum Polona Vilnensis padovanojo Balstogės universitetui Aguonų g. 22 esantį nekilnojamąjį turtą, skirtą Vilniaus filialo reikmėms. 2009 m. fakultetas gavo atitinkamą leidimą buveinės statybai šiame sklype, bet dėl stovėjimo aikštelių trūkumo prie šio sklypo neleista pradėti buveinės statybas šiame sklype. 2014 m. BU Senatas priėmė sprendimą dėl Aguonų g. 22 esančio nekilnojamojo turto pardavimo ir naujo nekilnojamojo turto už gautas lėšas pirkimo naujos Vilniaus filialo buveinės statyboms. Nekreipdamas dėmesio į būsto problemas, Vilniaus Ekonomikos-Informatikos fakultetas 2014 m. rudenį pradėjo parengiamuosius darbus, siekiant 2015 m. pradėti vykdyti Europos studijos krypties ir gavo atitinkamus Lietuvos Respublikos ir Lenkijos Respublikos valdžios leidimus. 2015 m. į aukščiau minėtos krypties studijas buvo priimti 38 studentai. Šios krypties studijų vykdymu siekiama sustiprinti europietiškas vertybes lenkų tautinės mažumos Lietuvoje tarpe. Baigęs Europeistikos krypties studijas absolventas turės galimybę susirasti valdininko, žurnalisto, Europos projektų specialisto ir patarėjo darbą.
